HLA復合體是人體最復雜的基因系統，呈高度的多態性，主要原因之一是由于HLA復合體的復等位基因所致。
遺傳學上將某一個體同源染色體上對應位置的一對基因稱為等位基因（alleles）；當群體中位于同一位點的等位基因多于兩種時，稱為復等位基因（muotiplealleles）。HLA復合體Ⅰ類和Ⅱ類基因位點多為復等位基因。1995年公布的用血清學、MLR和PLT確認的HLA特異性見表6-1。
表6-1HLAⅠ類和Ⅰ類基因特異性總表（1995）
A B C DR DQ DP D A1 B7 B5102 Cw1 DR1 DQ2 DPw1 Dw1 A2 B703 B5103 Cw2 DR103 DQ4 DPw2 Dw2 A203 B8 B52（5） Cw3 DR2 DQ5（1） DPw3 Dw3 A210 B13 B53 Cw4 DR3 DQ6（1） DPw4 Dw4 A3 B15 B54（22） Cw5 DR4 DQ793） DPw5 Dw5 A11 B18 B55（22） Cw6 DR7 DQ8（3） DPw6 Dw6 A23（9） B27 B56（22） Cw7 DR8 DQ9（3） Dw7 A24（9） B35 B57（17） Cw8 DR9 Dw8 A2403 B37 B58（17） Cw9（w3） DR10 Dw9 A25（10） B38（16） B59 DR11（5） Dw10 A26（10） B39（16） B60（40） DR12（5） Dw11（w7） A29（19） B3901 B61（40） DR13（6） Dw12 A30（19） B3902 B62（15） DR14（6） Dw13 A31（19） B40 B63（15） DR1403 Dw14 A32（19） B4005 B64（14） DR1404 Dw15 A33（19） B41 B65（14） DR15（2） Dw16 A34（10） B42 B67 DR16（2） Dw17（w7） A36 B44（12） B70 DR17（3） Dw18（w6） A43 B45（12） B71（70） DR18（3） Dw19（w6） A66（10） B46 B72（70） DR51 Dw20 A68（28） B47 B73 DR52 Dw21 A69（28） B48 B75（15） DR53 Dw22 A74（19） B49（21） B76（15） Dw23 B50（21） B77（15） Dw24 B51（5） B7801 Dw25 Dw26
HLA抗原的命名由世界衛生組織命名委員會確定，每個特異性抗原均以其基因位點的字頭附以適當的數字（按抗原被發現或官方認可的順序）表示。標有w（workshop）的為暫用名，得到認可后將其去掉；1991年決定：新特異性的申報要有明確的DNA順序，并根據DNA間關系命名，故取消w；現在所保留的w已非當初實驗室暫定名的含義，例如保留Cw以示與補體縮寫區別，保留Dw和DPw以示其用細胞學方法檢測。后面帶括弧的表示該特異性由括弧內的特異性分解而來，括弧內為早期確認的抗原，包含多個特異性。表中D抗原不是獨立基因位點的編碼產物，而是與DR和DQ廣泛相關，是用細胞學方法檢測的抗原。
表6-1所列特異性是用血清學方法和細胞學方法鑒定出來的，幾乎每次會議都命名新的特異性。如此復雜的基因及產物，再加上單倍體共顯性遺傳的特點，可隨機組合成一個巨大的數字；以致在人群中除同卵雙胎外，難以找到HLA完全相同者。這充分體現了HLA對免疫調控的個體差異，也為同種器官移植增加了困難。
現在用分子生物學方法可在基因水平上鑒定出更大的HLA多態性，例如HLA-A2的基因有12個變異體（A*0201～A*0212），其差別僅在第19密碼子一個堿基的置換。1994年3月WHO命名委員會公布的Ⅰ類和Ⅱ類等位基因為440個，1995年1月又發現了35個新的基因序列，并對以前的報告進行了部分修正。