在上述因素的致敏作用下，體內發生變態反應，其機制有如下可能：
1、速發型變態反應
致敏原進入機體后，與體內蛋白質結合形成抗原，抗原經過一定的潛伏期（5～20天），刺激免疫組織和漿細胞產生IgE。IgE吸附于全身各個器官的肥大細胞上（血管周圍、胃腔、皮膚）。當再遇到同一抗原刺激時，抗原便與吸附在肥大細胞上的IgE相結合，激活該細胞中的酶系統，使肥大細胞釋放出一系列的生物活性物質，如組胺、5-TH、緩激肽、過敏慢反應物質（SRS-A），也能興奮交感神經，釋放乙酰膽堿。SRS-A是由白三烯C4（LTC4）及其代謝產物LTE、LTD4所組成。LTC4在γ谷氨酰轉肽酶作用下，轉變為LTD4，后者在二肽酶作用下轉變為LTE4。這一系列生物活性物質，主要作用于平滑肌，引起小動脈、毛細血管擴張、通透性增加，組織、器官出血、水腫。
2、抗原-抗體復合物反應
抗原-抗體復合物反應是主要發病機制，并且這種免疫復合物是由IgA形成的。當這些具有抗原性的物質進入體內，便可刺激免疫系統，特別是B細胞產生大量的IgA抗體，與其結合成免疫復合物，隨循環到達身體各部并沉積于血管壁上，在補體的參與下，主要有C3和備解素的參與，通過激活補體旁路系統而造成組織的免疫損傷。如此損傷主要發生在皮膚、腎和肺的小血管，特別是微動脈和毛細血管可發生壞死性炎癥，血管通透性增加，紅細胞及血漿等外滲，造成皮下組織、黏膜、內臟組織滲出性出血和水腫，從而產生皮膚紫癜、腎及消化道等部位的出血。
通過免疫病理已經證實，在本病受損組織部位有IgA免疫復合物及C3沉積，未發現有C19和C4等。在先天性C2缺乏的患者同樣可發生本病。由此可以說明本病是IgA免疫復合物激活補體旁路系統所致。
當IgA免疫復合物在血管壁上沉積并由C3a、C5a和C5、6、7面的作用下，產生趨化因子，使大量的中性粒細胞在炎癥部位聚集，各種血管內皮細胞黏附分子如VCAM-1、ICAM-1和LFA-3在炎癥過程中均起到關鍵性作用。局部聚集的炎癥細胞釋放大量的炎性介質而導致炎癥反應。同時，血管內凝血機制也發生不同程度的改變，參與本病的病理過程。
3、細胞因子的作用
已有報道Henoch-Schonlein紫癜患者血清中TNFα和可溶性TNF受體（sTNFR）在正常范圍，而sIL-2R水平升高。在伴有腎臟損傷的Henoch-Schonlein紫癜患者腎局部組織細胞中，有多種致炎因子如IL-1α、IL-1β、TNF-α和LT等的表達。最近又有報道Henoch-Schonlein紫癜患者尤其是急性期血清中IL-4水平明顯升高，是正常人水平上限的5～40多倍，提示細胞因子參與Henoch-Schonlein紫癜的發病機制。IL-4促進IgE合成，可能是該病過程中的重要因素。