實驗方法原理 Gardiner 等（1986; Gardiner and Patterson 1989) 使用置于垂直凝膠兩側的兩組鉑線電極的凝膠電泳裝置以分離大的 DNA 片段。在這種橫向交變場電泳（transverse alternating field electrophoresis, TAFE) 中 ，當電場切換時，DNA 首先移向一組的陽極，然后移向另一組陽極。
實驗材料 DNA 分子質量標準目的基因組 DNA
試劑、試劑盒 變性緩沖液TAFE 凝膠電泳緩沖液TE
儀器、耗材 優質瓊脂糖循環水浴TAFE 凝膠設備水浴
實驗步驟
一、材料
1. 緩沖液和溶液
變性緩沖液（0.5 N NaOH，1.5 mol/L NaCl）
含 0.5 μg/ml 溴化乙錠或適當稀釋度的 SYBR Gold 的 TAFE 凝膠電泳緩沖液
TAFE 凝膠電泳緩沖液（20 mmol/L Tris-乙酸（pH 8.2)，0.5 mmol/L EDTA）
TE ( pH 8.0)
2. 凝膠
優質瓊脂糖
3. 核酸和寡核苷酸
DNA 分子質量標準
目的基因組 DNA
4. 專用設備
循環水浴
TAFE 凝膠設備
設置 14℃ 的水浴
二、方法
TAFE 分離 DNA 片段
1. 在沒有溴化乙錠的 1X TAFE 緩沖液中灌制 1% 的瓊脂糖凝膠，待其凝結。制膠所用的緩沖液與充滿電泳槽的緩沖液相同。
2. 制備含有目的 DNA 的瓊脂糖栓并且進行限制酶消化。制備和包埋 DNA 標準品。
3. 10 倍體積 TE ( pH 8.0) 中漂洗所有的栓 30 min，其間換液兩次。
4. 經過消化和洗滌的 DNA 栓分別包埋至凝膠加樣孔中，利用 1X TAFE 緩沖液中的溶化的 1% 瓊脂糖封住加樣孔內的栓。
5. 將凝膠放入含有 1x TAFE 緩沖液的 TAFE 凝膠槽內，緩沖液事先 14℃ 冷卻。
6. 接通電源，設置 4s 脈沖，170~180 mA 恒流，電泳 30 min。這一處理使 DNA 迅速入凝膠。此后，降低電流輸入至 150 mA，脈沖時間設置為欲分離 DNA 的最適選擇，繼續電泳 12~18 h。
7. 斷開電源，取出凝膠，在含有 0.5 μg/ml 溴化乙錠或適當稀釋度的 SYBR Gold 的 1x TAFE 緩沖液染色。紫外燈下照相。
DNA 變性并轉移到尼龍膜
8. 用水洗染色的凝膠兩次。洗完兩次后倒去水，加入變性緩沖液輕微振搖溫育 30 min。 更換變性緩沖液后再溫育 30 min。
9. 在變性緩沖液中利用毛細管印跡直接將 DNA 轉移到尼龍膜上。
10. 轉移后，80℃，2 h 烘烤或紫外交聯或微波處理將 DNA 固定在尼龍膜上。
11. 在含有甲酰胺的緩沖液中用標記探針進行預雜交和雜交。