植物體內產生但在其生長、發育、繁殖等生命活動中不屬于必不可少的有機化合物；主要分為含氮有機物、萜類化合物和酚類化合物三大類，包括非蛋白氨基酸、胺類、生物堿、酚類、苯丙烷酸類、香豆素類、黃酮類、生氰糖苷、脂類、萜類、蒽醌和硫代葡萄糖苷類等許多有機物。其產生和分布有局限性，即一定的次生物質僅在特定的物種、器官、組織或細胞中，以及特定的生長發育時期出現，產生數量的多少受到環境條件的強烈影響。在植物體自身的生存和發展中起重要作用。
有的作為生長的調節物，如植物激素和生長抑制劑；有些作為引誘劑、驅避劑、拒食劑和抗生物質，在生態學上有重要意義。有些次生物質在工業和醫學上有很大的應用價值，如橡膠、人參皂苷等。植物次生物質種類繁多，化學結構迥異，但都產生自少數幾種前體，如乙酸、莽草酸和異戊烯焦磷酸等。這些前體常在初生代謝中占據關鍵性的分支點位置。