植物次生物質的形成，除與植物的生長發育狀況有關外，還受光線、溫度、雨量和養分等環境條件的強烈影響。因此在不同緯度、不同海拔、不同氣候和不同土質條件下，植物體內次生物質含量有很大差異。
例如，一般金雞納樹皮中生物堿奎寧的含量高達15%，而在雨季土壤濕度高時金雞納樹不產奎寧。高山植物中黃酮類物質的含量遠高于平地同種植物。適當增施氮肥可提高羽扇豆和大麥中生物堿含量。
氨態氮較硝態氮更有利于藁草中生物堿的形成。近年來利用植物組織培養技術生產次生物質，有不少成功事例。
通過培養環境的調控，有的提高了次生物質的含量，有的改變了次生物質的種類。在中國，人參、三七、紫草、黃連等藥用植物的組織和細胞培養都獲得了成功。如紫草細胞懸浮培養產生的萘醌類色素，含量較原植物高8倍。