化學鍵合相色譜儀是采用化學鍵合相作固定相的液相色譜儀，有正相化學鍵合相色譜儀和反相化學鍵合相色譜儀。兩種類型化學鍵合相色譜儀比較如下：
一、固定相極性：
1、正相化學鍵合相色譜儀：大。
2、反相化學鍵合相色譜儀：小。
二、流動相極性：
1、正相化學鍵合相色譜儀：小至中等。
2、反相化學鍵合相色譜儀：中至大。
三、組分流出順序：
1、正相化學鍵合相色譜儀：極性小的組分先流出。
2、反相化學鍵合相色譜儀：極性大的組分先流出。
四、流動相極性增大：
1、正相化學鍵合相色譜儀：保留時間變小。
2、反相化學鍵合相色譜儀：保留時間變大。
五、分離組分：
1、正相化學鍵合相色譜儀：油溶性或水溶性的極性和強極性化合物。
2、反相化學鍵合相色譜儀：非極性、極性或離子型化合物。