正相硅膠反相洗脫色譜儀對堿性藥物的保留主要是離子交換機理，不需反相液相色譜儀中復雜的處理手段，堿性藥物保留時間大大縮短，拖尾改善，峰形對稱，能同時分析極性范圍很大的一類藥物。
一、固定相：
采用未改性的原形硅膠為固定相。
以普通硅膠作固定相簡單方便，不需HPLC眾多的鍵合相就能達到滿意的分離效果。在高PH值（PH＞8）的水－有機溶劑混合液中，固定相穩定，硅膠不溶于高濃度極性有機溶劑和高pH值的流動相中，可使用數月不影響柱效。
二、流動相：
以水性溶液作流動相。
常用的流動相為甲醇－水相緩沖液和乙腈－水相緩沖液。合適的緩沖劑有三乙胺、甲酸銨－氨水、高氯酸銨－氨水、醋酸銨－氨水和磷酸氫二銨－磷酸等。
由于正相硅膠反相洗脫色譜儀利用被測組分與硅醇基相互作用，因此不需要加硅醇基掩蔽劑等特殊添加劑，僅用一兩種洗脫液就能對大范圍內的堿性藥物進行分離分析。
由于流動相中含的三乙胺會吸附在硅醇基上，很難用甲醇清洗，所以每次做完樣品，先用0.1%冰乙酸沖洗15～20min，洗去三乙胺，然后再用甲醇沖洗20min。經這樣處理后，柱壓可長期保持不變，達到保護色譜柱的目的。