比色杯必須配套使用，否則將使測試結果失去意義。在進行每次測試前均應進行比較。
具體方法如下；分別向被測的兩只杯子里注入同樣的溶液，把儀器置于某一波長處，石英比色杯；220nm、700nm裝蒸餾水，玻璃比色杯：700nm處裝蒸餾水，將某一個池的透射比值調至100%，測量其他各池的透射比值，記錄其示值之差及通光方向，如透射比之差在±0.5%的范圍內則可以配套使用，若超出此范圍應考慮其對測試結果的影響。
以下幾個問題應引起儀器操作人員注意：
1）比色皿架及比色皿在使用中的正確到位問題。有些使用者對這個問題不夠重視，因操作不當造成偶然誤差，嚴重影響分析結果。首先，應保證比色皿不傾斜放置。稍許傾斜，就會使參比樣品與待測樣品的吸收光徑長度不一致，還可能使入射光不能全部通過樣品池，導致測試比準確度不符合要求。其次，應保證每次測試時，比色皿架推拉到位。若不到位，將影響到測試值的重復性或準確度。最后,還應保證比色皿的清潔度,延長其使用壽命.
2）干燥劑的使用問題。干燥劑失效將導致a）數顯不穩、無法調“0”點或“100%”點（電路或光電管受潮）。b）反射鏡發霉或沾污，影響光效率、雜散光增加。鑒于上述原因，分光光度計的放置地點應遠離水池等濕度大的地方、干燥劑應定期更換或烘烤。
3）儀器的工作環境。應避免陽光直射、避免強電場、避免與較大功率的電器設備共電、避開腐蝕性氣體等。