異：1、原核生物基因組很小，一般只有一條染色體；而真核生物基因組結構龐大。
2、原核dna分子的絕大部分是用來編碼蛋白質的，只有非常小的一部分不轉錄，這與真核dna的冗余現象不同。
3、原核生物dna序列中功能相關的rna和蛋白質基因，往往叢集在基因組的一個或幾個特定部位，形成功能單位或轉錄單位，它們可被一起轉錄為還有多個mrna的分子，叫多順反子mrna，而真核生物中沒有這種結構，只有單順反子。
4、原核生物基因組中還有重疊基因。
5、真核生物基因組含有大量重復序列。
6、真核生物基因不連續，有內含子、外顯子；原核生物則沒有。
同：1.都是脫氧核糖核酸的長鏈，具有雙螺旋結構。
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