液相色譜儀與氣相色譜儀的比較如下：
一、應用范圍：
1、氣相色譜儀：
（1）能氣化、熱穩定性好和沸點較低的樣品。
（2）高沸點、揮發性差、熱穩定性差、離子型和高聚物樣品不能檢測。
（3）只有15%～20%的有機物能用氣相色譜儀分析。
2、液相色譜儀：
（1）溶解后能制成溶液的樣品。
（2）分子量大、難氣化、熱穩定性差、高分子和離子型樣品及具有生理活性物質均可檢測。
（3）應用廣泛，占80%～85%的有機物。
二、流動相：
1、氣相色譜儀：
（1）流動相為氣體。
（2）流動相無毒，易處理。
（3）流動相與組分之間無親和作用，只與固定相互作用，不參與分配平衡過程。
2、液相色譜儀：
（1）流動相為液體。
（2）大多數流動相有毒。
（3）易污染環境。
（4）成本較高。
（5）流動相與組分之間有親和作用，提高了柱選擇性，改善分離度，對分離起很大作用。
（6）流動相種類較多，選擇余地大。
（7）流動相極性和PH值的選擇對分離起重要作用。
（8）可選用不同比例的兩種或兩種以上液體作為流動相，增大分離選擇性。
三、固定相：
1、氣相色譜儀：種類多。
2、液相色譜儀：不如氣相色譜儀固定相種類多。
四、色譜柱：
1、氣相色譜儀：用毛細管柱可得到很高的柱效。
2、液相色譜儀：色譜柱不能很長，柱效不是很高。
五、選擇性：
1、氣相色譜儀：流動相不影響分配，一般靠改變固定相和色譜柱溫來改變選擇性。
2、液相色譜儀：主要靠改變流動相來改變選擇性。
六、檢測器：
1、氣相色譜儀：有很靈敏的選擇型檢測器，也有較靈敏的通用型檢測器。
2、液相色譜儀：有較靈敏的通用型檢測器。
七、操作溫度：
1、氣相色譜儀：加溫。
2、液相色譜儀：室溫。
八、運行和操作難度：
1、氣相色譜儀：容易。
2、液相色譜儀：比氣相色譜儀難一些。
九、儀器制造難度：
1、氣相色譜儀：難度較小。
2、液相色譜儀：難度較大。
十、樣品回收：
1、氣相色譜儀：破壞樣品，回收困難。
2、液相色譜儀：不破壞樣品，回收容易且可定量，適合大量制備。
十一、其它：
1、液相色譜儀能完成難度較高的分離。
氣相色譜儀流動相載氣是色譜惰性的，不參與分配平衡過程，組分與流動相之間無親和作用，只與固定相互作用。液相色譜儀流動相與組分之間有親和作用，提高了柱選擇性，改善分離度，對分離起很大作用。可選用不同比例的兩種或兩種以上液體作為流動相，增大分離選擇性。通常在室溫下操作，有利于色譜分離條件的選擇。
2、凡是能用氣相色譜儀分析的樣品一般不用液相色譜儀。
氣相色譜儀更快，更靈敏，更方便，耗費低。