毛細管凝膠電泳色譜儀（CGE）是20世紀80年代后期發展起來的毛細管電泳分離模式。它是將常規凝膠電泳儀對生物大分子的分離能力與毛細管電泳儀的快速、微量和定量分析相結合，是當今分離度極高的一種分離技術。
聚丙烯酰胺凝膠是CGE的理想載體，將聚丙烯酰胺等在毛細管中交聯生成網狀多孔凝膠，以凝膠作為載體進行電泳。由于凝膠多孔，具有類似分子篩的作用，荷質比相等但大小不同的分子，在電場作用下發生遷移，其遷移速度受到凝膠網狀結構的阻礙。大分子受到的阻力大，遷移速度慢，小分子受到的阻力小，遷移速度快，從而達到相互分離。
蛋白質、DNA和蛋白質－SDS聚合物等的荷質比與分子大小無關，在CZE分離模式中，淌度幾乎沒有差別，很難分離，采用CGE能獲得良好分離。CGE與LIFD相結合已成為DNA快速序列分析的優選方法。
由于聚丙烯酰胺凝膠粘度大，抗對流性好，散熱性好，能有效減小組分的擴散，因此能限制譜帶展寬，所得峰形尖銳，分離度極高，是CE分離模式中柱效最高的一種分離方法。