填充柱由不銹鋼或玻璃材料制成，內裝固定相，一般內經為2~4mm，長1~3m。填充柱的形狀有U型和螺旋型兩種。毛細管柱又叫空心柱，分為涂壁、多孔層和涂載體空心柱。涂壁空心柱是將固定相均勻地涂在內徑0.1~0.5mm的毛細管內壁而成，毛細管材料可以是不銹鋼、玻璃或石英。毛細管色譜柱滲透性好，傳質阻力小，而柱長可達幾十米。熔融二氧化硅毛細管色譜柱的出現使得毛細管色譜柱逐步取代填充柱，應用越來越廣泛，但填充柱在永久性氣體、低級烴類以及水分含量的測定等分析領域具有獨特的用途，在日常分析工作中仍是具有一定價值的分離分析手段。毛細管柱的優點是柱滲透性好、能通過高速載氣進行快速分析；柱效高；樣品用量少；易實現氣相色譜-質譜聯用。但其柱容量小、最大允許進樣量小。填充柱的優點是柱容量大，制備方法簡單，使用方便，定量分析的準確度較高。缺點是柱效低，分離效能比毛細管柱差，分析速度慢。