毛細管電泳色譜儀擴散進樣是利用濃度差擴散原理，當將毛細管浸入樣品溶液時，樣品分子因在毛細管管口界面存在濃度差而向管內擴散。
一、進樣質量：
擴散進樣時，在時間t內，進入毛細管的樣品質量Q為：
Q = 400CS（2Dt）1/2
式中：D為樣品分子的擴散系數，C為樣品濃度。
擴散進樣動力是不可控制參數，進樣量僅由擴散時間t控制，t通常為10～60s。
利用電動或壓力進樣系統，取E = 0或ΔP = 0（如果允許），可實現擴散進樣。
二、特點：
1、擴散進樣對毛細管內的填充介質沒有限制，屬普適性進樣方法。
2、擴散進樣具有雙向性，在樣品分子進入毛細管的同時，區帶中的背景物質也向管外擴散，可得到畸變程度較小（與背景差別不大）的初始區帶，可抑制背景干擾，提高分辨率。擴散與遷移速度和方向無關，可抑制進樣偏向，提高定性和定量分析的可靠性。