毛細管電泳色譜儀是以毛細管為分離通道，以高壓直流電場為驅動力，利用荷電粒子之間的淌度差異和分配系數差異進行分離。電泳淌度的測定方法有電中性標志物法、電流法和流動電勢法。 一、電中性標志物法： 在給定檢測器上要有響應，214或200nm UV檢測時常用二甲基甲酰胺和二甲亞砜測定電泳淌度。 例：石英毛細管長度為100cm，進口到檢測器的距離為90cm，給定支持電解質條件下施加電壓20kV時，UV256nm測得二甲亞砜的遷移時間為300s。計算電滲淌度。 二、電流法： 用電導率有差別的兩個緩沖溶液互相替代，通過電流的過渡曲線測定電滲淌度。 三、流動電勢法： μ = k×（ΔU）/（ΔP） 式中：μ為電泳淌度，k為電導率，ΔU為電勢差，ΔP壓力差。
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