毛細管電泳色譜儀進樣方式有電動進樣、壓力進樣和擴散進樣。
一、電動進樣：
1、方法：
在毛細管的陽極端接觸緩沖液前，先置于樣品溶液中，并在很短時間內加進樣電壓，使樣品通過電遷移進入毛細管。
2、特點：
（1）對毛細管內的填充介質沒有特殊限制，屬普適性進樣方法，可實現自動化操作。
（2）進樣裝置簡單，不需附加設備，介質粘度很高時使用更有利。
（3）電動進樣是毛細管凝膠電泳的*進樣方式。因為在凝膠狀態下，壓力進樣和擴散進樣都很困難。
（4）可用于痕量富集。但樣品溶液的離子強度必須保持恒定，否則在該點的電壓會急劇變化。
二、壓力進樣：
壓力進樣是最常用的進樣方式。
1、方法：
（1）進樣端加壓：
采用壓縮空氣（鋼瓶氣）可實現正壓進樣，并可與毛細管清洗系統共用。多采用。
（2）出口端抽真空：
負壓進樣需要特別精密的控制設計，容易因泄露等原因出現不重復進樣。
（3）虹吸：
調節進樣槽和出口槽之間的相對高度使之產生虹吸作用，將樣品引入。
2、特點：
（1）若嚴控樣品粘度和溫度，則進入毛細管的樣品質量恒定。
（2）在進樣中沒有組分歧視。
三、擴散進樣：
1、方法：
利用濃度差擴散原理，當將毛細管插入樣品溶液時，樣品分子因在管口界面存在濃度差而向管內擴散。
2、特點：
（1）對毛細管內的填充介質沒有任何限制，屬普適性進樣方法。
（2）擴散進樣具有雙向性。在樣品分子進入毛細管的同時，區帶中的背景物質也向管外擴散，可得到畸變程度較小（與背景差別不大）的初始區帶，能抑制背景干擾，提高分辨率。擴散與遷移速度和方向無關，可抑制進樣偏向，提高定性定量的可靠性。