氣相毛細管柱色譜儀分析以分流進樣作為優選進樣方式，主要是由于它的簡易性而不是它的可靠性，在常規分析時被廣泛應用。實驗表明，對于揮發性或極性相近和沸點低于正二十烷沸點的樣品，通過主要操作條件的優化選擇，可得到比較滿意的定量精度。操作條件的選擇包括氣化溫度、分流比、載氣流量、分流點、進樣量、進樣速度和柱溫等方面。
一、氣化溫度：
氣化溫度一般選擇在接近或等于zui高沸點組分的溫度，以保證所有組分能氣化。氣化溫度高可能有利于減小初始譜帶寬度，但溫度太高可能使樣品某些組分分解和降解，反而產生樣品歧視。更合理的方法不是提高氣化溫度而是選用合適的襯管，以增加熱容量和樣品與襯管接觸的表面積。對于未知新樣品建立分析方法時，氣化溫度可從300℃開始試驗選擇。
二、分流比：
分流比大小要根據樣品濃度和進樣量調整，一般范圍為1：20～1：200。分流比小時，分流歧視可能小些，但初始譜帶會變寬。但分流比小，適合程序升溫技術。分流大時，有利于峰形，但分流歧視可能比較嚴重。在分析要求不高時，選擇分流比大些比較有利。實際工作中，要視樣品濃度選用合適的分流比后再確定進樣量。
隨著柱溫升高、柱流量變化和氣化溫度變化等，分流比對針型閥的流量特性有影響，計算分流比和重新調整分流閥時，一定要在色譜柱和分流進樣器溫度恒定后進行。
三、載氣流量：
載氣總流量是載氣流量、分流流量和隔墊吹掃氣流量的總和。對于配EPC控制的氣路，各流量可在較大范圍內自動設定調整，但用穩壓閥調節柱前壓供氣時，要注意穩壓閥的壓力和流量特性。原則上講，在分析要求允許的情況下，柱前壓高些或分流比大些，有利于各流量的穩定和分析重復性。
在柱前壓較高時，隔墊吹掃氣流量可能超過5mL/min，此時它的分流作用不能忽略。尤其當隔墊密封性能欠佳時，對進樣失真的影響會更大。在分析要求允許的情況，可以把吹掃氣路關閉操作。
四、分流點：
分流點是指色譜柱進口、襯管填充物和注射針尖的相對位置。分流點不同對進樣歧視程度不同。
為了減小進樣歧視，色譜柱入口在氣化室中的較佳位置可通過多次試驗確定。安裝色譜柱時，保證柱入口端超過分流點，保證柱入口端處于氣化室襯管的中央（氣化室內色譜柱與襯管同軸）。每次重復安裝時，一定要嚴格按相同尺寸安裝。
五、進樣量：
進樣量一般不超過2μL，控制在1μL以下。因為襯管容積有限，液體氣化時體積要膨脹數百倍。
進樣量還和分流比相關，分流比大時，進樣量可大些。
六、進樣速度：
進樣速度越快越好，以防樣品不均勻氣化，保持窄的初始譜帶寬度。快速自動進樣往往比手動進樣的效果好。
七、柱溫：
如果程序升溫，初始柱溫應高于溶劑沸點，進樣后應快速升溫。