因液相色譜柱柱效是色譜柱中流動相線性流速的函數，使用不同的流速可得到不同的色譜柱柱效。對于一根特定的液相色譜柱，要追求最佳柱效，最好使用最佳流速。對內徑為4.6mm的色譜柱，流速一般選擇1ml/min，對于內徑為4.0mm柱，流速0.8ml/min為佳。
當選用最佳流速時，分析時間可能延長。可采用改變色譜柱流動相的洗滌強度的方法以縮短分析時間，如使用反相柱時，可適當增加甲醇或乙腈的含量。
a.由于甲醇廉價，對于反相柱推薦使用甲醇體系(必須使用乙腈的場合除外)：PS由于反相色譜柱比較難以選擇，所以對于反相色譜柱柱推薦選擇這款幾款反相色譜柱。
b.對于正相柱推薦使用沸程為30-60℃的石油醚或提純后的己烷作流動相，沒有提純的己烷不得使用。用水最好使用超純水(電阻率大于18兆歐)，去離子水及雙蒸水中含有酚類雜質，有可能影響分析結果。
c.含水液相色譜柱流動相最好在實驗前配制，尤其是夏天使用緩沖溶液作為流動相不要過夜。
d.色譜柱流動相要求使用0.45 μm濾膜過濾，除去微粒雜質。
e.使用HPLC級溶劑配制流動相，使用合適的流動相可延長色譜柱的使用壽命，提高柱性能。