一、出現部分反峰：
指大部分峰為正向出峰，但一小部分峰為反向出峰，或基線往負方向偏移。
1）檢查各種氣體的流量設置是否正常，以及是否存在漏氣現象。
2）檢查載氣的純度，如果載氣里面有微量不純物，而樣品的純度如果比載氣的純度高，就會出反峰。
3）氣路切換時有壓力沖擊，也會出現反峰，此時氣路中可加接穩壓裝置。
4）使用空氣壓縮機時，檢查確認反向出峰或基線往負方向偏移是否與空氣壓縮機的動作（空氣壓力不足時空氣壓縮機自動動作）在時間上是否同步。
5）較多水份進入離子化檢測器時，火焰的燃燒狀態短時間會起變化，伴隨出現反峰（這不是異常）。
6）使用TCD時，如果載氣和樣品的熱導系數過于接近，也會出現一部分或全部的反峰。
二、出峰后零點偏移：
是指樣品出完溶劑峰等平頂峰后基線不能回到原來的零點。
1）各氣體流量是否正常（數值、穩定）。
2）柱箱、檢測器的溫度是否正常（數值、穩定）。
3）檢測器是否被污染，如果污染進行清洗或更換零件
4）色譜柱是否老化不足，必要時在載氣進入色譜柱的情況下，將色譜柱箱的溫度設置在色譜柱的最高使用溫度下30度左右進行10小時以上的老化，或用程序升溫方式進行老化。
5）必要時在通入載氣的情況下，將檢測器的溫度設置在200℃以上進行數小時的老化。
6）減少進樣量。
7）使用TCD時，如果大量的氧成分注入TCD，會引起TCD鎢絲的阻值發生變化，使得基線無法回零，鎢絲的壽命也會減短。