柱溫與溫度控制程序一個已經拆開以顯示出內部毛細管柱的氣相色譜儀恒溫箱氣相色譜儀中的色譜柱放置于溫度由電子電路精確控制的恒溫箱內。（當分析者說“柱溫”時，他實際上指的是恒溫箱的溫度。不過這種區別并不重要，因此在下文中對這兩者并不作區分。）樣品通過色譜柱的速率與溫度正相關。柱溫越高，樣品越快通過色譜柱。但是，樣品越快通過色譜柱，它與固定相之間的相互作用就越少，因此分離效果越差。通常來說，柱溫的選擇是綜合考慮分離時間與分離度的結果。柱溫在整個分析過程中不變的方法稱為恒溫方法。不過，在大部分的分析方法中，柱溫隨著分析過程的進行逐漸上升。初溫，升溫速率（溫度“斜率”）與末溫統稱為控溫程序。控溫程序使得較早被洗脫的被分析物能夠得到充分的分離，同時又縮短了較晚被洗脫的被分析物通過色譜柱的時間。