色譜的主要作用是將物質分離。而質譜更多的被用來鑒別純物質。
氣相色譜一般是利用樣品中不同組分的沸點、極性和吸附性質的不同，從而樣品中的不同組分在固定相和流動相之間達到平衡的時間不同，因此達到將混合物分離的效果。這樣就可以將復雜的混合物分成若干相對來說的純物質來進行檢測，從而分析出混合樣品中的成分組成及含量多少。
一般來說普通氣相色譜配有不同的檢測器，比如最常用的氫火焰離子化檢測器等等。
而質譜與氣相色譜進行連接后，質譜就相當于一種檢測器。樣品中的不同組分經氣相色譜進行分離，然后經質譜檢測每個組分的離子或碎片的質量，最終達到檢測分析出混合樣品中的成分組成及含量多少的目的。
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