人和動物由食物引入的蛋白質或是組成機體細胞的蛋白質和在細胞內合成的蛋白質,都必須先在酶的參與下加水分解后才進行代謝。植物與微生物的營養類型與動物不同,一般并不直接利用蛋白質作為營養物,但其細胞內的蛋白質在代謝時仍然需要先行水解。分解代謝過程中生成的氨,在不同動物體內可以以氨、尿素或尿酸等形式排出體外。某些氨基酸可以通過特殊代謝途徑轉變成其他含氮物質如嘌呤、嘧啶、卟啉、某些激素、色素、生物堿等。體內某些氨基酸在代謝過程中還可以相互轉變。