優點 1.分析可以再設備普通的實驗室里進行
2.能夠分析大量的樣品。因為通過仔細的計劃，好幾批試樣可以同時分析以及為分析
做好準備
3.原始數據能夠容易的處理以供在計算機中進一步求值
4.檢測極限也從最初的u mol, 級提高到p mol 級
5.氨基酸不用柱前衍生，直接上樣進行分析，操作步驟簡單，故是迄今氨基酸定性、定量分析中應用最廣泛的方法之一。柱后衍生試劑除茚三酮外，還有可用熒光檢測的鄰苯二甲醛，使檢測靈敏度得以提
高，已達5-10 mol
缺點：（1）由于儀器結構復雜，造成價格昂貴；（2）離子交換樹脂易壓縮，流動相流速的加快不與壓力的增加成比例，故測定時間相對較長；（3）氨基酸經離子交換柱分離，在柱后與水合茚三酮衍生劑混合進行反應，勢必造成柱后擴散比較大，峰形變寬，分辨率降低；（4）有些柱后衍生劑如鄰苯二甲醛雖能用靈敏的熒光檢測，但不能與亞氨基反應，故不能檢測脯氨酸。