1、工業廢水排放
富營養化的水體中含有較多的氮和磷，它們首先來自工業廢水。鋼鐵、化工、制藥、造紙、印染等行業的廢水中氮和磷的含量都相當高。近年來，工業排放的廢水逐年遞增。據報道，2001年全國工業廢水排放量達201億t。但由于技術與資金的原因，大部分工業廢水只經簡單處理甚至未經任何處理就直接排入江河等水體中，許多廢水中所含的氮、磷等物質也就不斷地在水體中累積了下來。
2、生活污水排放
人們在日常生活中也產生了大量的生活污水，2001年全國生活污水排放達227億t，超過工業廢水排放量。生活污水中含有大量富含氮、磷的有機物。其中的磷主要來自洗滌劑。據統計，2001年全年排放廢水中化學需氧量(COD)排放總量為140615萬t，比上年減少2.7%。其中工業廢水中COD排放量607．5萬t，比上年減少13．8%；生活污水中COD排放量799萬t，比上年增加8．0%。可見，生活污水已逐漸取代工業廢水而成為水體富營養化的最大污染源。
3、化肥、農藥的使用
現代農業生產中大量使用化肥、農藥，人類在享受它們帶來農業豐收的同時，在很大程度上污染了環境。農藥、化肥在土壤中殘留，同時不斷地被淋溶到周圍環境，特別是水體中，其中所含的氮、磷就導致了水體富營養化。此外，屠宰場和畜牧場也會有含有較多氮磷的廢水進入水體等。