實驗概要
學習水平式瓊脂糖凝膠電泳檢測DNA的純度、構型、含量和分子量大小。
實驗原理
閉合環狀質粒、線性質粒和開環質粒DNA由于構形不同，在加溴化乙錠的瓊脂糖凝膠電泳上呈現不同的遷移率，因而在紫外燈下觀察，能區別閉合環狀質粒 DNA（cccDNA）、線性質粒DNA（L-DNA）和開環質粒DNA（ocDNA）。
主要試劑
1. l DNA/HindIII分子量標準
2. 溴酚藍指示劑點樣緩沖液
0.2% 溴酚藍
50% 蔗糖
3. 1mg/ml溴化乙錠溶液
4. 電泳緩沖液（TAE）
40 mmol/l Tris-乙酸
1 mol/l EDTA
(配制方法：24.2克Tris堿，5.71ml冰乙酸，10ml 0.5mol/L EDTA(pH8.0)，定容至5000ml）
5. 0.7% 瓊脂糖凝膠
（配制方法：稱取瓊脂糖0.35克，加入50ml TAE電泳緩沖液）
主要設備
1. 微量移液器
2. 電泳儀
3. 水平電泳槽
4. 透射紫外觀察儀
實驗材料
質粒pUC118
實驗步驟
1. 選擇合適的水平式電泳槽，調節電泳槽平面至水平。檢查穩壓電源與正負極的線路。
2. 選擇孔徑大小合適的點樣梳子，垂直架在電泳膠模的一端，使點樣梳子底部離電泳膠模底部的距離為1.0mm。
3. 制備0.7%瓊脂糖凝膠，100℃水浴加熱至瓊脂糖融化均勻。
4. 用吸管取少量瓊脂糖凝膠溶液將電泳膠模四周密封好，防止澆灌瓊脂糖凝膠板時發生滲透。待瓊脂糖凝膠冷卻至60℃左右時，加入一滴溴化乙錠，搖勻，輕輕倒入電泳膠模中，瓊脂糖凝膠的厚度在3～5mm。倒膠時要避免產生氣泡，若有氣泡可用吸管小心吸去。
5. 瓊脂糖凝膠凝固后，在室溫放置20分鐘，小心拔掉點樣梳子和電泳膠模兩端的擋板，保持點樣孔的完好。
6. 將電泳膠模放入電泳槽中，加入電泳緩沖液，使電泳緩沖液面高出瓊脂糖凝膠表面1～2mm。如點樣孔內有氣泡，用吸管小心吸出，以免影響加樣。
7. 將15ml DNA樣品與1/5體積的溴酚藍指示劑點樣緩沖液混合。上樣緩沖液不僅可以提高樣品的密度，使樣品均勻沉到樣品孔內，還可以使樣品帶顏色，便于上樣和估計電泳時間和判斷電泳的位置。
8. 用微量移液器將樣品小心加入加樣孔內，記錄樣品點樣秩序。
9. 蓋上電泳槽，開啟電源開關，最高電壓不超過5V/cm（100～150V恒壓電泳），使DNA從負極向正極移動。
10. 電泳時間隨實驗的具體要求而異。電泳一般需1～3小時。電泳完畢后關閉電源，戴一次性塑料手套取出凝膠，盡可能將所有的電泳緩沖液淋干，在 254nm波長的透射紫外燈下觀察。
注意事項
1. 加熱溶解瓊脂糖時應不斷地搖動容器，使附于壁上的顆粒也完全溶解。
2. 溴化乙錠是一種強致癌劑，并有中度毒性，因此必須十分謹慎小心。操作時一定要戴手套，用過的手套要及時將手套順手翻過來，讓污染有溴化乙錠的面朝里。
3. 用254nm波長的紫外光進行觀察的效果比366nm清晰，但產生的切口DNA量也較高。紫外光對眼睛有害，觀察時應戴上眼鏡或防護面罩。