一、出入通風道的水坑
運轉中，水環真空泵和蒸汽冷凝器連通，可能會因水蒸氣分離設備的動作不良而在配管上產生水蒸氣滯留。水泵停止時，水蒸氣逐漸凝結，之后成為積水，一次產生的積水可能很少，但多次后積水增多，之后倒流到真空泵，瞬間的電壓過大，有可能燒毀馬達。
出入管道積水的處理如下：首先，在日常工作中，應及時檢查水環真空泵，主要放在出入管道有無積水上，及時清理少積水。為了避免這種故障，對水環真空泵的水氣分離器進行了改造和完善，例如，使用具有更高耐磨性和耐腐蝕性的好鋼材，或者加大水氣分離器管的直徑，為水氣分離提供更大的空間等，減少水蒸氣滯留，消除水滯留故障
二、電機啟動異常或過熱
首先是馬達的啟動異常。“異常”是指噪音過大或無法啟動，可以考慮水環真空泵內(葉輪拖板內)存在異物、馬達供給電壓低、馬達不足等問題。在此基礎上，檢查電動機的配線，避免缺相故障和供電故障等問題導致真空泵長時間不運轉。除去起動蓋的銹，還要在內部添加除銹劑，根據需要打開端蓋，檢查其內部是否有垃圾，調整分配板和葉輪間的距離
接著是馬達過熱。原因有三個。一是水環真空泵的供水量大，產生更大的馬達負荷；二是馬達有問題；三是排氣孔被堵塞。針對這種情況，請仔細檢查真空泵的排氣量的大小，在水量大的情況下，適當調節(減小)供水閥。電氣作業人員要仔細檢查電動機，仔細檢查要避免缺相問題的排氣孔，如果存在不順暢的問題，則實施疏通處理。
三、真空度不足
水環真空泵系統真空度不足的原因主要有：
水環的動作不穩定。一旦發生進氣或進氣電磁閥堵塞，則泵的工作水的供給不足，水環的工作變得不穩定，此時，泵從設定修正箱脫離而工作，必然會有輸出降低的情況，系統的真空度降低。應對方法是去除供水管的水垢，使進口電磁閥保持順暢。
進口單向閥無效。在閥座出現結垢、生銹后，或者不能吸上去的情況下，會發生空氣從備用泵入口被吸入工作泵，泵的消耗電力增加，系統真空度降低的串擾現象。應對方法是去除閥座的水垢或更換新的閥座。
密封不良。軸端密封不良或密封不良時，如果外部空氣被吸入水環真空泵內，會發生系統真空度下降，隨著泵的進氣管溫度不同等現象。應對方法是檢查軸端，確認密封條是否牢固。有時會發生密封水泄漏量變大的現象，但如果誤認為盤根的推壓力不足，則進一步推壓盤根，摩擦力加大，軸向力上升。此時的確切原因，可能是由于工作水量過大，無法壓住盤根使其盲目。