潛伏期的長短與感染的病原菌種類、細菌量及臨床類型有關。胃腸類型的潛伏期為8~48h，如感染菌量大，一般在12h內發病，感染菌最小則48h左右發病。敗血癥型與傷寒型潛伏期較長，為1~2周。一般而言，典型的病程經過，可分為四期：
1.初期。表現為發熱.可伴有全身不適、乏力、食欲減退、咽痛咳嗽等。隨病情加重，體溫呈階梯形上升，在5～7日內達39℃～40℃。
2.極期。常有傷寒的典型表現：持續的高燒1～2周不退，伴有特殊的中毒面容，表情淡漠、腹脹、便秘或腹瀉，體溫升高，與脈跳速率不成正比.形成相對緩脈，皮膚可出現玫瑰糠疹、脾腫大等。
3.緩解期。人體對傷寒桿菌的防御能力逐漸增強，體溫出現波動并開始下降，食欲開始好轉。此期易出現各種并發癥.如腸穿孔或腸出血。
4.恢復期。體溫恢復正常，通常在1個月左右完全恢復健康。近年來，由于抗生素的廣泛使用，以及早期治療等原因，上述典型的臨床表現及分期已較少見。另外，小兒傷寒患者的臨床表現也不典型，應區別對待，隨著年齡增大，則逐漸近似于成人傷寒。起病較急，發熱多呈弛張型，胃腸道癥狀較明顯，肝脾腫大較常見，易并發支氣管肺炎。此外，老年傷寒的臨床表現也不典型，通常發熱不高.易發生虛脫，常并發支氣管肺炎和心力衰竭、持續的腸功能紊亂和記憶力減退，恢復慢，病死率較高。
分型
1.胃腸炎型 為常見的臨床類型，約占70%，有不潔飲食(尤其是動物性食物)史。
2.傷寒型 癥狀極似傷寒，但潛伏期較短(平均3~10d)，病程亦較短(10~14d)，病情多較輕，無明顯系統癥狀或有胃腸道表現。
3.敗血癥型 散發發病。多發生于兒童及抵抗力減低的病人。
4.局部化膿型 出現于菌血癥階段或菌血癥之后，發熱時或熱退后。
以上四種臨床類型，常發生相互重疊，故不易明確劃分，如胃腸炎可伴發或繼發菌血癥、敗血癥型并發局部化膿灶、局部化膿灶亦可繼發菌血癥。人類偶可同時感染兩種沙門菌。部分沙門菌感染者可無癥狀，但大便培養陽性，血清凝集效價升高。
傷寒與副傷寒的并發癥也較多，如腸出血、腸穿孔、支氣管肺炎、中毒性肝炎、中毒性心肌炎等。無論癥狀是否典型，臨床上凡是出現發熱持續1～2周不退者，應高度懷疑傷寒或副傷寒的可能，盡早就醫，及時查血常規或血培養等，以明確診斷。