1.立即停用原有抗生素
對疑診患者也要及時試停抗生素。對原發病必須使用者，可選用針對性強的窄譜抗生素。避免使用解痙劑和止瀉藥，防止毒素滯留于腸內。
2.對重癥患者
應加強支持療法，糾正水、電解質紊亂，補充血容量，補充血漿、白蛋白，以增強患者的抵抗力，使患者渡過危險期，為病因治療贏得時間。
3.病因治療
應選用針對病因有效的藥物如甲硝唑、萬古霉素等。
4.恢復正常菌群
可選用含嗜酸乳桿菌、雙歧桿菌等藥物口服，也可用灌腸來恢復患者腸道的正常菌群。
5.對藥物治療
反應不佳的多次反復的嚴重病例，必要時可考慮外科手術治療。