1.停用相關抗生素
由抗生素引起的假膜性小腸結腸炎，應立即停用抗生素。若必須使用抗生素時，可用窄譜抗生素或合用萬古霉素。
2.加強對癥支持治療
如給患者補充水電解質，必要時可采用全腸道外營養。嚴重者可少量使用激素，以改善毒血癥。
3.抗菌治療
甲硝唑為首選抗生素，它對絕大多數PMC患者有效。若療效不理想或患者不能耐受甲硝唑時，可改用萬古霉素。
4.抗難辨梭狀芽胞桿菌毒素治療
可采用易制備的難辨梭狀芽胞桿菌抗毒素中和難辨梭狀芽胞桿菌毒素。
5.維持腸道正常菌群
可口服乳酶生、雙歧桿菌等。另外，對于那些極少數合并有中毒性巨結腸或腸梗阻者，應手術治療。