積極有效的抗生素治療是為克雷白桿菌感染治療的關鍵。本屬細菌耐藥現象嚴重,故治療藥物的選用應以藥敏結果為準。提高人體免疫力,特別對接受手術和侵襲性醫源性操作患者更要注意保護。耐藥肺炎克雷白桿菌容易在同種或不同種屬的革蘭陰性桿菌之間傳播,一旦發現耐超廣譜β-內酰胺酶(ESBLs)菌株后,應及時采取有效措施,包括隔離感染者,防止耐藥菌株在醫院內尤其在重癥監護病房中傳播。