必須防止人糞污染食品和水，而高發病率的無癥狀帶蟲者使這一問題復雜化。能足夠殺滅細菌的氯濃度對阿米巴包囊無作用，但將水煮沸或用四環素氫化過碘酸片處理水（每升1-2片）可殺滅包囊。
一般治療包括減輕癥狀，補充血液和糾正水和電解質的喪失。如果考慮到闌尾炎癥狀系阿米巴所致，則手術最好推遲48-72小時以觀察化療的療效。
無癥狀的包囊排出者應得到治療以防止他們傳播感染。通常口服1個療程的糠酸二氯尼特（diloxanide
furoate）：成人500mg日服3次，連服10日；兒童20mg/（kg*d）分3次服。也可用雙碘喹啉替代，成人劑量650mg日服3次，連服20日；兒童劑量30-40mg/（kg*d）分3次服，連服20日，每日最大劑量不超過2g，以免引起視神經炎。甲硝唑，除非應用大劑量，對無癥狀包囊排出者的失敗率高。
治療有輕度胃腸道癥狀的病人，推薦用口服甲硝唑5-10日療法（成人750mg日服3次；兒童每日35-50mg/kg，分3次服）。孕婦不應服用甲硝唑。對有中度胃腸道癥狀的病人，在完成1個療程的甲硝唑治療后，應接著加用第二種藥物，例如按上述劑量給糠酸二氯尼特或雙碘喹啉，或用巴龍霉素（每日25-30mg/kg分3次服，連服7日）以防復發。如果癥狀嚴重，口服藥物后應接著用依米丁1mg/（kg*d）（最大不超過60mg）或去氫依米丁1-1.5mg/（kg*d）（最大不超過90mg）肌內注射，直至癥狀得到控制（至多不超過5日）。依米丁和去氫依米丁都是有毒性的，受藥病人應臥床休息并用心電圖監護。一旦出現心動過速，低血壓，肌肉無力，嚴重胃腸道反應或皮膚病等藥物毒性征象，應立即停藥。禁忌證包括妊娠和腎臟或心臟疾病。
治療腸外阿米巴病，甲硝唑為首選藥物，劑量同上。替代藥物為依米丁或去氫依米丁，劑量與上述治療重癥阿米巴痢疾所用的劑量相同。用依米丁或去氫依米丁治療肝阿米巴病時應合用氯喹（成人，開始2日1g/d，然后500mg/d連服3周；兒童，每日10mg/kg，最大劑量不超過氯喹基質300mg/d）。若在糞便中出現溶組織內阿米巴，還需加用雙碘喹啉，劑量同上。
如果可行，應在治療后第1，3，6月復查糞便，以便觀察是否有復發。