由于該囊腫可以長期存在，多年不變，定期觀察，無需治療。如果囊腫逐漸長大，影響生活，或反復感染，經常形成膿腫，可行巴氏腺囊腫造口術。此法簡單，損傷小，尚能保留腺體功能。但造口應夠大，造口之后最好放引流條，每天用雙氧水或者2%碘伏沖洗一次，共3～4次，防止術后粘連閉合，再次形成囊腫。一旦膿腫形成，應當切開引流。
近年來采用CO2激光做造口術治療，治療率高，無不良反應，操作簡便，治療時間短，無需縫合創面，病人可在門診治療；由于激光的高熱效應能使組織細胞凝固、炭化，因激光對血紅蛋白有親和力，故有較好的凝血作用，術中及術后出血少，能保留腺體的正常功能，對性生活無影響，術后無感染，無需用抗生素。但此種技術應用范圍尚不廣泛，有待進一步觀察研究。