以非手術治療為主，通過降低盆底橫紋肌張力可有效緩解癥狀。痙攣性肛門直腸疼痛常突然發作，且持續時間短，之后可完全緩解，所以大部分只需要進行心理治療。
1.一般治療
心理疏導、改正久坐不良習慣、溫水坐浴、緩解疲勞等
2.藥物治療
（1）口服藥：硝苯地平、地爾硫卓主要用于由遺傳性內括約肌肌病引起的功能性肛門直腸疼痛，通過拮抗鈣離子可以緩解肛提肌痙攣以減少疼痛，應注意嚴重低血壓患者不能應用這兩種藥物。
（2）外用藥：用局部涂抹0.3%硝酸甘油軟膏的方法治療痙攣性肛門直腸疼痛時，患者疼痛能得到緩解，很少出現嚴重的不良反應。
（3）其他：吸入型的沙丁胺醇能明顯縮短劇烈疼痛持續的時間，特別對那些疼痛持續時間大于20分鐘的患者效果更加明顯；也可采用肛門括約肌內注射肉毒菌素A的方法治療痙攣性肛門直腸疼痛，肉毒菌素A可阻斷乙酰膽堿的釋放，進而阻止了括約肌陣發性的運動過度，從而使疼痛得以緩解。
3.生物反饋治療
通過多次正反嘗試訓練，可以提高盆底肌肉的協調性和舒張感知能力，此治療方法對部分患有效，生物反饋的成功與否與患者對整個治療過程的接受意愿有一定關系。
4.神經阻滯治療
超聲引導下局部注射麻醉劑和(或)乙醇封閉相應骨盆神經(如陰部神經)，短期療效顯著，但長期療效不佳。