1.一般治療
（1）調整排便習慣：養成定時排便的習慣，有助于改善腸道功能。
（2）飲食療法：增加膳食纖維攝入可加強腸道內水分的吸收，有助于控制輕度肛門失禁的癥狀。
（3）心理治療：部分患者伴發的神經精神癥狀為心理性的，進行心理治療會有一定療效。
（4）坐浴：可以放松肛門括約肌，對部分患者有效。
2.藥物治療
根據不同類型選擇用藥，功能性肛門失禁選用鹽酸洛哌丁胺膠囊、苯乙哌啶、蒙脫石散等抗腹瀉藥物；功能性排便障礙選擇瀉劑來改善便秘癥狀；功能性肛門直腸痛可選擇硝苯地平、地爾硫卓、硝酸甘油軟膏、沙丁胺醇等緩解疼痛。另外可酌情使用抗抑郁或抗焦慮藥物，如選擇性5-羥色氨、三環類藥物等。
3.生物反饋治療
通過多次正反嘗試訓練，可以提高盆底肌肉的協調性和舒張感知能力，此治療方法對部分患有效，生物反饋的成功與否與患者對整個治療過程的接受意愿有一定關系。