由于手術后復發的問題未能得到有效解決，近年來藥物治療問題日益受到人們的重視。
阿苯達唑（丙硫咪唑）：本藥在口服后吸收率很低，而且不同個體之間血藥濃度的變化很大。其有效代謝產物阿苯達唑亞砜。
國際推薦的治療劑量是8～15mg/(kg.d)，連續服藥4周停藥2周，可反復進行3～4個療程。國內普遍使用片劑的劑量為 20mg/(kg. d)，但療效未見提高。
吡喹酮：對絳蟲成蟲的作用極強，是用于驅除家犬細粒棘球絳蟲感染最有效的藥物，但對棘球蚴的療效不理想。至今也未見到用吡喹酮治療包蟲病較系統的臨床療效評價[2]。