肝囊腫的治療應視其大小、性質及有無并發癥而定。直徑5cm并出現壓迫癥狀者可在超聲引導下穿刺抽液，以緩解壓迫癥狀。但抽液后不久囊腫又會增大，需反復抽液。此法操作簡便，不需剖腹，對不能耐受手術的巨大肝囊腫患者仍不失為一種可行的治療方法。囊腫有感染時宜行外引流術。當有并發癥出現如囊腫破裂、囊蒂扭轉、囊內出血或囊腫巨大壓迫鄰近器官影響進食者需外科手術治療，手術治療應盡可能完全切除囊腫，如不能則做次全切除或至少切除1/3囊壁，使囊液引流入腹腔。如膽汁進入囊腔，后一種手術則不適用，可采取囊腫－空腸吻合術。術中應造影確定有無交通，如囊腫為多房性，引流前應盡量去除其分隔。囊壁病理檢查要仔細除外惡變。