1.一般治療
對有低氧血癥和呼吸功能不全者，氧氣治療和輔助通氣治療是重要措施。以持續低流量吸氧為好。在病原治療開始后的72小時內，應用腎上腺皮質激素，可改善肺功能，降低病死率。
2.病原治療
如在呼吸衰竭前進行抗孢子蟲治療，可大大降低病死率。
（1）磺胺甲惡唑/甲氧芐啶（復方磺胺甲惡唑）是優選的抗肺囊蟲藥。
（2）噴他脒主要用于磺胺甲惡唑/甲氧芐啶（SMZ/TMP）治療無效或對磺胺藥過敏者。可有心、腎、肝損害，骨髓抑制，低血糖等毒副反應。
（3）其他可選用阿扎伐醌（atovaquone）氨苯砜（DDS）、α-二氟甲基鳥氨酸（DFMO）乙胺嘧啶加磺胺多辛、伯氨喹加克林霉素等藥。