1.一般治療
該病死亡率高，但早期治療反應較好，多數可以得到恢復，故關鍵在于早期診斷和治療。患者應臥床休息，增加營養，糾正水電解質紊亂和缺氧，經鼻或面罩給氧，FiO2（吸入氧濃度）<50%時，動脈血氧分壓在9.32kPa（70mmHg）以上，嚴重缺氧者則采用輔助通氣或體外膜氧。盡量減少免疫抑制劑的應用，但對嚴重彌漫性病變者，尤其是AIDS患者則應短期使用糖皮質激素，如潑尼松龍。
2.病因治療
磺胺甲惡唑/甲氧芐啶（復方磺胺甲異惡唑）是較為理想的治療藥物，有一定療效，AIDS病人半數以上可出現藥物副反應。
3.噴他脒
對肺孢子菌有致死作用，但副反應發生率可達50%。缺點是毒副反應大，主要為腎毒性。主張常規藥物不能耐受和無效時用，仍可取得一定療效。
AIDS患者，應用磺胺甲惡唑/甲氧芐啶或噴他脒療程要長，為3周或更長。初期療效同非AIDS患者相似，但藥物副作用的發生率和嚴重性更明顯，復發率可高達50%。對TMP-SMAK或噴他脒過敏或治療失敗者，可用下列藥物：
①氨苯砜加甲氧芐啶（TMP）；
②二氟甲基烏氨酸；
③克林霉素加伯氨喹。