水囊瘤雖屬良性病變，但可向周圍組織甚或主要器官浸潤生長，有可能在短時間內出現危及生命的并發癥。因此大多數水囊瘤均應積極治療。若病變較小，確無任何癥狀的患兒可隨診觀察1～2年。
1、囊狀淋巴管瘤的注射療法
大的、深部的囊狀淋巴管瘤，多有指狀突起沿著筋膜間隙伸延至肌肉和大血管、神經、重要器官之間。不易達到全部切除，因此應首選注射療法。
2、囊狀淋巴管瘤的手術治療
在不具備注射治療，或注射無效、復發者仍應手術治療。對有氣管和縱隔受壓者應作緊急手術。原則上應盡早手術切除，并力求徹底。但由于腫瘤壁菲薄如紙，往往累及鄰近血管、神經及周圍組織，故術中出血較多，囊壁難分離、易破裂，舌下神經和面神經下支易被忽略切斷，導致術后面部畸形和復發等。
3、囊狀淋巴管瘤的壞死療法
壞死療法可克服手術治療缺點，治療安全、效果好，治愈復發少，操作簡單，不受年齡和部位限制。
4、囊狀淋巴管瘤的對癥治療
囊狀水瘤較易發生感染，致淋巴管發生阻塞，或囊腔感染化膿，預后嚴重，應積極抗感染治療。如腫脹阻塞口底、舌根、咽部，則需做氣管切開以緩解呼吸困難。