奧迪括約肌功能障礙的治療原則是降低奧迪括約肌對膽汁和胰液排出的阻力，目的是緩解上腹部疼痛。
1.一般治療
注意休息，避免情緒波動，注意生活規律，建議進低脂飲食，以減少對胰、膽的刺激。
2.藥物治療
對于Ⅱ型中度疼痛和Ⅲ型奧迪括約肌功能障礙患者，在嘗試積極的內鏡或手術治療以前，通常應首選藥物治療。Ⅰ型和II型重度疼痛的奧迪括約肌功能障礙患者，對藥物治療的反應較差，因此，藥物治療為可選方案。硝酸甘油在健康志愿者和膽管運動功能障礙患者能降低奧迪括約肌的基礎壓力，鈣離子通道阻滯劑能降低奧迪括約肌壓力、降低時相性收縮的振幅、持續時間和頻率。
3.括約肌切開術
括約肌切開有兩種方法：內鏡下或經十二指腸手術。對膽管括約肌功能障礙的患者，內鏡下括約肌切開術是最常用的治療手段。與開腹手術相比，患者容易接受、并發癥發生率低。目前，開腹手術主要應用于內鏡治療后再狹窄的患者以及沒有條件進行內鏡檢查或治療、或內鏡治療不成功者。是目前常用且有效的治療方法。