妊娠合并再障無特效治療方法，以支持治療為主。在病情未緩解之前應避孕。若已妊娠，應在早期做好輸血準備的同時行人工流產。隨著再生障礙性貧血治療手段的進展，近50%慢性再障病人經恰當治療后病情緩解，可以妊娠。但妊娠期間病情可能加重，因此孕期應嚴密監護，注意休息，減少感染機會，間斷吸氧，少量間斷多次輸血，以保證母兒安全。
1.對癥治療
糾正貧血和血小板減少，以少量間斷輸血為主，有感染者控制感染。嚴重貧血可使母體氧含量減低，引起胎兒生長受限、胎兒宮內窘迫、早產和死胎；孕婦易于發生貧血性心臟病心力衰竭；母體對失血耐受性降低，易于發生失血性休克；降低孕婦抵抗力而誘發感染。血小板嚴重減少可誘發出血，甚至顱內出血，危及孕婦生命。
2．妊娠足月以后
如無產科指征，應盡量陰道分娩，減少手術產，最好實行計劃分娩。在宮頸成熟以后，經過輸全血或成分血，血紅蛋白達到80g/L左右，血小板達到20×109/L（2萬）以上，在準備足夠新鮮血的情況下促分娩發動。縮短第2產程，防止第2產程用力過度，造成腦等重要臟器出血。可適當助產，分娩時盡量避免組織損傷，仔細檢查并完善縫合傷口。產后及時地使用宮縮劑，加速胎盤剝離和排出。有效地促進子宮收縮，減少產后出血。臨床產后常規使用抗生素預防感染。在產褥期更應密切觀察有無感染的臨床表現，繼續予抗生素，輔以適當的促進子宮復舊的中藥治療。有產科手術指征者行剖宮產術。
3.避免接觸及應用損害骨髓造血功能的物品
防止濫用對造血系統有損害的藥物，特別是氯霉素、保泰松等一類藥物。必須使用時，加強觀察血象，及時采取適當措施。長期接觸能引起本病的化學、物理因素的人員，應嚴格執行防護措施，嚴格遵守操作規程，防止有害的化學和放射性物質污染周圍環境。
4.藥物治療
妊娠期由于藥物對胎兒的潛在不良影響，一般再障常用的雄激素、免疫抑制劑等孕期禁用。對于有明顯出血傾向者給予糖皮質激素治療，有刺激紅細胞生成的作用。
5.脾摘除術
經治療無效的慢性病例，骨髓增生程度尚好，雖無明顯出血，但對輸血要求日漸增加者，可在中孕期考慮作脾摘除術。