主要是甲狀腺激素替代治療，有的病人還需進行病因治療。
(1)甲狀腺激素替代治療：由于甲減病人自身不能產生足夠的甲狀腺激素，故需服用甲狀腺激素藥品來替代治療。替代用的甲狀腺激素藥品有3種，即T3、T4和干甲狀腺片。
T3：由于作用時間持續較短，故不常用于替代治療。國內尚無成品藥物出售。
T4：在國外許多國家常用T4替代甲狀腺激素。每天所需的劑量約為100-200微克。國內尚無成品藥物出售。
干甲狀腺片：國內甲減病人主要用干甲狀腺片進行替代治療。干甲狀腺片含有T3和T4兩種甲狀腺激素，價格便宜。每天用量40一200毫克。每片劑量多為40毫克，也有含60毫克的。
（2）病因治療：有的甲減病人還從病因上積極治療，若是因為藥物導致的甲減，減量或停用后，甲減可以自行消失；若是下丘腦或垂體有大腫瘤，行腫瘤切除后，甲減有可能得到不同程度的改善；若是亞急性甲狀腺炎引起的甲減，亞急性甲狀腺炎治愈后，甲減也會消失；若是長期缺碘引起的甲減，需補充碘的攝入。