1.一般治療
幫助患兒的家長認識、理解病情，指導其改善患兒生活方式，調整飲食結構和習慣，去除與癥狀相關的可能發病因素，提高緩解癥狀的能力。
2.藥物治療
一般療程2～4周。治療無效者可適當延長療程，并可進一步檢查，明確診斷后再進行治療。有Hp感染者，需行Hp的根除治療。
（1）促動力藥多巴胺受體拮抗劑：多潘立酮是能增加胃竇和十二指腸動力，促進胃排空，明顯改善FD患兒餐后飽脹、早飽等癥狀。5羥色胺4（5-HT）受體激動劑：枸櫞酸莫沙必利，可明顯改善FD患者早飽、腹脹。
（2）抗酸及抑酸藥常用的抗酸劑有鋁碳酸鎂、復方氫氧化鋁等，可以緩解癥狀。抑酸藥包括H2受體拮抗劑，如：西米替丁；和質子泵抑制劑（PPI），如：奧美拉唑。
（3）根除Hp感染雖然Hp與FD的發病和癥狀間的關系尚不確定，臨床上對于伴Hp感染的FD患兒仍建議進行根除Hp的治療。
3.精神心理調整
醫生應該具備足夠的同情心、耐心。給予一定的行為治療、認知治療或心理干預，可以配合使用一些安慰劑，大部分癥狀會隨著時間的推移而改善。而對抑酸和促動力治療無效、且伴有明顯精神心理障礙的患者，可以請心理科醫生協助診治。