1.一般治療
小兒尤其是新生兒、嬰兒的胃食管反流治療中，體位與飲食喂養十分重要。
（1）體位治療 患兒體位以前傾俯臥30°位最佳（包括睡眠時間）。
（2）飲食治療 喂養可采用黏稠厚糊狀食物，少量、多餐，以高蛋白低脂肪餐為主，能改善癥狀或減少嘔吐次數，晚餐后不宜再喝飲料以免發生反流，避免應用刺激性調味品和影響食管下括約肌張力的食物和藥物。
2.藥物治療
近10年來發展很快，主要藥物為促胃腸動力劑與止酸劑兩大類，合用對反流性食管炎療效更佳。藥物治療胃食管反流在成年人與較大兒童中已積累了較多的經驗，但在新生嬰兒期僅處在觀察、試用研究中，故對后者應用時要慎重。
3.手術治療
對內科系統治療無效，有嚴重的并發癥如食管狹窄等及有神經系統障礙的患者可考慮手術治療。常用的手術：
①Nissen手術即360°全胃底折疊術；
②Belsey4號手術為240°胃前壁部分折疊術。手術治療近期效果良好，但遠期效果尚不肯定。