除少數先天性膽管閉鎖病例需要外科手術之外，絕大多數可用內科治療。
1.中藥 中醫稱新生兒黃疸為"胎黃"，治療以茵陳為主，常用茵陳三黃湯（茵陳9g、黃芩4.5g、黃柏4.5g、黃連1.5g、大黃1.5g、山梔3g）濃煎口服，每日一劑，少量多次喂服或用茵梔黃注射液加10%葡萄糖液稀釋一倍后靜脈滴注，能使黃疸逐漸消退。
2.光療70年代初上海第一婦嬰保健院與復旦大學合作研制藍光治療高未結合膽紅素血癥取得與國外同樣效果。由于療效顯著，方便簡單，副作用少，現已被普遍采用。國產藍光燈管波長為420～470nm與血清膽紅素的最高吸收波長460～465nm相接近，未結合膽紅素經光氧化及異構化作用后產生膽綠色和無毒的水溶性雙吡咯。后者不易散到中樞神經系統，而經膽汁和尿液排出。無藍光燈管時白光也有效，但比藍光約差5%。1983年Vecchi報道波長514.5μm的綠光優于白光。1984年上海使用綠光，結果還優于藍光。
光療的效果除波長外與皮膚受光面積、光照強度成正比，雙面光照比單面光照的效果快而好，且可減少翻身，光照時除了遮蓋兩眼避免損害視網膜外，會陰部用小型尿布，盡量暴露。光照強度與燈管根數、排列方式、反光能力、使用壽命、有無積塵與皮膚間的距離和中間有無有機玻璃間隔有關。一般每面5～9根燈管排成弧行，使各燈管與皮膚間距相仿，并有反光裝置，避免積塵為宜。藍色熒光燈亮度衰減比白色的快，使用300小時后即減退20%，900小時約減35%，2700小時約減45%，20瓦比40瓦的減退得快。所以當幅照計監測燈管功率<300μW時（約連用2500～3000小時）即需換管。燈管與皮膚間距33～50cm，當光照強度減退時可將燈皮間距接近來保持200～460R燭光的強度。為了防止燈管破碎脫落碰傷患兒，故中間隔層有機玻璃為妥，5cm厚的有機玻璃約減弱透射率5%。
光療時間的長短要根據病因及黃疸程度、血清膽紅素的高低來決定。連續照射比間斷照射效果好，比較簡單，但兩例輪流用一只光療箱，6小時交替間斷照，效果相差也不多。膽紅素下降程度與病因及光照前膽紅素基數，距生后時間有關。一般光照24小時約下降膽紅素幅度30%左右。有些Rh溶血病生后1天內開始光療，膽紅素上升減慢，3～4天后再逐步下降，避免了換血。多數高未結合膽紅素血癥光照24小時即降至205μmol/L（12mg/dl以下）而停止光療。由于皮膚黃疸比血管內的血清膽紅素減退得快，停照后血清膽紅素再由血管進入皮膚，黃疸會有所回升，過1～2天后再逐漸消退。
光療時可有輕度腹瀉綠色稀便，針尖大紅色皮疹、核黃素分解增多、環境溫度過高時發熱和不顯性失水增加，肝功能異常、敗血癥和血清結合膽紅素大于68.4μmol/L（4mg/dl）同時有高卟啉血癥時，光療后皮膚、內臟可呈青銅癥（bronze baby syndrome），停照后會自愈。暨南大學醫學院附屬醫院采用姐妹染色單體交換試驗檢查67例新生兒高未結合膽紅素血癥的外周血淋巴細胞，結果提示較長時間的光療會損傷DNA，有可能產生遠期的副作用。根據廣州市紅十字會醫院等遠期隨訪藍光治療高膽紅素血癥的新生兒，在21/2～9歲時無論在體格發育及智力發育方面都與健康同齡對照組無顯著差別。目前臨床上光療雖無多大副作用，但適當掌握指征還是需要的。當未結合膽紅素用Lathe改良法測定達205μmol/L（12mg/dl）以上和產前已擬診而生后證實為新生兒溶血病者，為了爭取時間，不宜在未結合膽紅素高達205μmol/L（12mg/dl）再照。光療只能治表退黃，不能治本，不能減少抗體，也不會糾正貧血，然而對需要換血的病例，在換血前后進行光療，可減少換血次數，提高療效。綠光照射出現腹瀉皮疹和核黃素缺乏者少。沿海地區濕度高，光療時不顯性失水輕，內地可增加液量20%～25%、注意尿量及尿比重。避免光療箱溫度過高，一般以30℃為宜。在增加通風對流時避免吹直接風。
3.阻止腸內膽紅素的再吸收 提前喂奶，及時建立腸道菌群，分解腸內膽紅素為尿膽原，盡快排出胎糞，可以減少腸內膽紅素，防止其再吸收，從而減輕黃疸的程度。有人給活性炭0.75g，每4小時1次以減少腸壁再吸收未結合膽紅素（腸肝循環），與光療聯合應用效果較好。
4.酶誘導法 常用苯巴比妥誘導肝細胞的微粒體提高活力，轉化未結合膽紅素為結合膽紅素，劑量為4～8mg/kg/日，連服4日或更久，但其作用較緩，3～7日才顯療效。可加用尼可剎米（可拉明）100mg/kg/日以提高苯巴比妥的療效。
5.換血療法 詳見新生兒溶血病治療節。在廣泛采用光療以后，換血已大為減少。
6.白蛋白 輸注血漿或白蛋白可使血清中游離的未結合膽紅素附著于白蛋白，從而減少未結合膽紅素與腦細胞結合的機會，降低核黃疸的發生率。在換血1～2小時前，先注入白蛋白lg/kg/次，連用2～4次，或用血漿25ml，每日1～2次，可換出較多的膽紅素。
7.腎上腺皮質激素 其主要作用是活躍肝細胞酶系統，加強葡萄糖醛酸與膽紅素結合的能力。一般口服強的松每日1～2mg/kg。對較重黃疸病例可靜點氫化可的松5～10mg/kg，或用地塞米松每日0.4mg/kg，待黃疸消退時減量，以至停藥。由于皮質激素常有不良副作用，一般不作常規處理。在普遍應用光療以后，更不需激素療法。
8.錫～原卟啉 是血紅素加氧酶的抑制劑，能阻止血紅蛋白的分解，從而減少膽紅素的形成。目前該藥已在人工合成，今后可望應用于臨床。