1.一般治療
小兒功能性消化不良3～8歲發病率高，有一定的人為因素和社會因素。醫生應了解患兒的生活情況，包括患兒與家長、學校及生活環境。掌握正確教育方法，養成良好的飲食習慣。建立良好的醫患關系，讓患兒知曉病情，了解危害，樹立治療的信心。此外，還應了解患兒近期用藥的情況。
2.藥物治療
對于功能性消化不良，藥物治療的效果不太令人滿意，沒有任何一種特效的藥物可以使癥狀完全緩解。下面介紹常用對癥治療的藥物
（1）抗酸藥和抗胃酸分泌藥
①抗酸藥 常用的有復方氫氧化鋁片（胃舒平），胃得樂（樂得胃），鋁碳酸鎂（胃達喜），復方鋁酸鉍。飯后1小時服用。片劑嚼碎或研碎后服用。
②抗胃酸分泌藥 常用西米替丁，飯前10～30分鐘服用；雷尼替丁每12小時一次或每晚一次口服；歐美拉唑清晨頓服，療程2～4周。
（2）促胃動力藥物
①甲氧氯普胺（胃復安） 每日三次口服。因常出現錐體外系癥狀，故臨床應用逐漸減少。
②多潘立酮（嗎叮啉） 兒童常用的一種促胃動力藥。每日3～4次口服，飯前半小時及睡前服用。1歲以下兒童由于血腦屏障功能發育尚未完全，故不宜服用。
③西沙必利 兒童餐前15～30分鐘。
④紅霉素 雖為抗生素也是胃動素激動藥，可增加胃近端和遠端收縮活力，促進胃推進性蠕動，加速胃排空。
（3）胃黏膜保護劑
①膠體次枸櫞酸鉍 每日三次口服，療程4～6周。
②硫糖鋁 每日四次口服，療程4～8周。
③雙八面體蒙脫石（思密達） 每日三次口服。此藥可引起便秘。
（4）中藥治療。