CVID的治療與XLA基本相似，靜脈免疫球蛋白(IVID)的標準劑量為每月400mg/kg。皮下注射人血丙種球蛋白可用于對IVID有不良反應者，其價格也比IVID便宜。經IVID治療后仍發生呼吸道和胃腸道感染，可用IgG和IgA滴鼻或口服。
胸腺肽注射或胸腺移植(用于T細胞缺陷為主者）。
適當的抗微生物制劑治療和預防感染甚為重要，使用抗菌藥物時，應每2周更換1次，以防耐藥性的產生。賈第鞭毛蟲感染者，使用甲硝唑治療可收到良好效果。
