本病治療關鍵在于積極控制感染、防止復發、去除誘因、糾正先天或后天尿路結構異常，防止腎功能損害。
1.一般治療
急性感染時應臥床休息，多飲水，勤排尿，減少細菌在膀胱內停留時間。女孩應注意外陰部清潔。
2.抗菌療法
應早期積極應用抗菌物治療。藥物選擇一般根據：
（1）感染部位對腎盂腎炎應選擇血濃度高的藥物，而下尿路感染則應選擇尿濃度高的藥物如呋喃類或磺胺；
（2）病原菌根據尿培養及藥物敏感結果針對病原菌應用抗菌藥；
（3）少用腎損害藥物急性初次感染經以下藥物治療，癥狀多于2～3天內好轉、菌尿消失。如治療2～3天癥狀仍不見好轉或菌尿持續存在，多表明細菌對該藥可能耐藥，應及早調整，必要時可兩種藥物聯合應用。
3.積極治療尿路結構異常
小兒尿路感染約半數可伴有各種誘因，特別在慢性或反復再發的尿感多同時伴有尿路結構異常，必須積極查找，盡早治療，防止腎實質損害。