1．一般治療
加強營養，適當給予葉酸、維生素B等多種維生素及微量元素，要素飲食或全腸外營養，糾正水、電解質紊亂，必要時可酌情使用抗膽堿能或止瀉藥，合并感染者給予廣譜抗生素。
2．藥物治療
（1）氨基水楊酸制劑 柳氮磺胺吡啶（SASP）僅適用于病變局限于結腸者；美沙拉嗪適用于病變在末端回腸和結腸者。該類藥物一般用于控制輕型患者的活動性，也可作為緩解期或手術后的維持治療用藥，但療效有限。
（2）糖皮質激素 糖皮質激素是控制病情活動性最有效的藥物，適用于中、重型患者或對氨基水楊酸制劑無效的輕型患者，常用的藥物有潑尼松、地塞米松等。
（3）免疫抑制劑 常用的免疫抑制劑有硫唑嘌呤和6-巰基嘌呤，適用于對皮質激素治療效果不佳或對激素依賴者。
（4）抗菌藥物 某些抗菌藥物如甲硝唑和環丙沙星對控制病情有一定療效，但長期應用不良反應大。
（5）其他 抗腫瘤壞死因子（TNF）-α單克隆抗體重復治療可獲得較長期緩解，近年已開始應用于臨床，感染為該藥的禁忌證。
3．手術治療
內科治療無效及出現并發癥時可行手術治療，手術方式主要是切除病變腸段。