異源內分泌綜合征治療的關鍵是治療異位分泌激素的腫瘤，包括手術切除和放化療。
除根據病因治療外，應積極根據分泌激素的不同進行對癥處理。
對于異位分泌ADH的腫瘤，如病情較輕，應限制攝水量，每日應<800～1000mL，使水處于負平衡，以減少自由水過多。需要注意的是化療需要水化或化療導致更嚴重的低鈉。當有嚴重水中毒（有抽搐，昏迷等癥狀）時，可考慮使用速尿等藥物，同時靜脈給予30g/L氯化鈉溶液，以便迅速糾正血鈉濃度和血漿滲透壓，但必須防止誘發肺水腫。
第一型異位ACTH綜合征治療困難，預后差，確診時往往已不能手術，僅可用聯合化療，患者易伴發感染，在化療前盡早使用酮康唑等抑制過量皮質醇產生，以預防致命的感染；第二型多由類癌引起，惡性程度低，但也可發生縱隔和肺門淋巴結轉移，在明確診斷后宜盡早手術根治。
伴瘤高鈣血癥一般血鈣在3.5mmol/L以上，往往易發展至高鈣危象，過高的血鈣對患者遠較腫瘤本身更具危險性，需積極搶救。
低血糖急性發作時應靜脈注射50%葡萄糖液，保持血糖在正常高水平為宜，無效時可肌肉注射胰高血糖素1mg，升糖激素如糖皮質激素，生長激素等可用于控制慢性低血糖的發生，一般外科手術切除腫瘤后，低血糖可自行緩解。