心臟橫紋肌瘤有自發消退的傾向，研究發現腫瘤在妊娠晚期會停止生長或體積相對縮小，有小部分病例仍有宮內繼續生長的趨勢，出生后大部分患兒的心臟橫紋肌瘤會在嬰兒時期部分或全部消退，所以一般建議采用保守治療。只有當橫紋肌瘤引起血流動力學阻塞或心律紊亂影響到心臟功能時，才有必要給予藥物治療或手術切除。
手術的主要目標是解除血流動力學阻塞，保護心室及瓣膜功能，以及防止損傷傳導系統。腫瘤的根治性切除并非必要，且有危險性。存在明顯癥狀的腔內型橫紋肌瘤具有手術指征，年齡或是否伴有結節性硬化癥并非手術的禁忌證。橫紋肌瘤雖無包膜，但界線清楚，外科手術可完全切除，只有當腫瘤累及冠狀動脈主要分支、瓣環或傳導系統時手術有一定困難。
根據腫瘤的部位可采用不同的手術方法，對于右室游離壁病變可做單腔靜脈插管，不阻斷主動脈進行手術。對于室間隔或左室病變做雙腔靜脈插管，中度低溫阻斷主動脈進行手術，也可采用深低溫停循環的方法。手術切口應根據腫瘤的部位來選擇，爭取完全切除，但如侵犯其他重要結構或多發性的腫瘤，不能勉強切除，僅需解除梗阻部分即可。切除腫瘤后的組織缺損可用補片進行重建。